专项规划要加强与《纲要》和重点专项规划的衔接。年度计划要充分体现《纲要》年度实施重点。并做好年度间综合平衡。《纲要》主要指标的年度实现情况以及上一年度《纲要》总体执行情况和下一年度实施重点发展改革委负责将《纲要》提出的25个主要指标纳入年度计划指标体系发展改革委会同有关部门负责做好跨“十三五”时期专项规划与《纲要》的衔接工作。
落实《纲要》涉及本地区的目标任务和重大工程项目。各省（自治区，直辖市）政府要加强《纲要》实施的动态监测，及时发现问题和风险，并通报发展改革委等相关部门。区域规划要细化落实《纲要》特定区域目标任务。相关部门和地方要根据《纲要》明确的重点区域发展任务和战略部署每年年初将上一年度《纲要》主要指标和“三个重大”落实情况，以及地方总体规划实施情况送发展改革委汇总。做好区域规划的编制实施工作。规划期到2020年的区域规划须于2016年年底前实施。规划编制主体要按年度监测评估重大区域发展战略规划实施情况。地方规划要细化落实《纲要》涉及本地区的目标任务。地方总体规划和年度计划要与《纲要》密切衔接。